1、标的差异
(1)参考指数
深港通：恒生大型股指数、中型股指数、小型股指数
沪港通：恒生大型股指数、中型股指数
(2)市值筛选条件
深港通：恒生综合小型股指数成份股，且成份股定期调整考察戒指日前十二个月港股月平均月末市值不低于港币50亿元(对A+H股不做市值考察)
沪港通：无
(3)A+H股相关标的
深港通：沪、深两所上市A+H股公司的相应主板H股
沪港通：上交所上市A+H股公司的相应H股
2、交易差异
(1)深港通有部分股票暂不纳入收市竞价交易，该部分股票收市时间及收盘价的产生与其他港股通股票有所不同;
(2)两市分别公布港股通交易日历，沪港通与深港通下港股通的交易日可能有所不同。
3、结算汇率差异
(1)深、沪结算分公司独立换汇，但深、沪两司换汇机制相同，每日参考汇率完全一致。
(2)由于沪深两所交易量不同，按照买卖钆差摊分成本后，结算汇率分摊至投资者可能存在较少差异。
4、账户差异
(1)沪深港股通证券账户股票不能交叉卖出，即：通过上交所港股通买入的港股不能通过深交所港股通卖出，通过深交所港股通买入的港股不能通过上交所港股通卖出。
(2)通过上交所港股通卖出港股的资金可用于买入深交所港股通的港股，通过深交所港股通卖出港股的资金可用于买入上交所港股通的港股。
(3)沪深两所账户体系不同，上交所指定交易，深交所可转托管。
沪港通和深港通开哪个
买港股用深港通还是沪港通，取决于所买股票属于深港通还是沪港通股票。深港通下设有深股通和港股通，满足深股通要求的股票会被纳入“深股通标的股”，而沪港通下设有沪股通和港股通，满足沪股通要求的股票会被纳入“沪股通标的股”。投资者可以同时开通深港通和沪港通权限，以便买卖两市股票
