1、性质不同。
新三板是指全国中小企业股份转让系统，简称全国股份转让系统，是区别于“一板”主板市场和“二板”创业板市场的概念，是对公司性质的定性。北交所即北京证券交易所有限责任公司，是全国中小企业股份转让系统有限责任公司的全资子公司，是经国务院批准设立的中国第一家公司制证券交易所，是一个股票交易场所。
2、交易场所不同。
新三板作为全国中小企业股份转让系统，是场外市场。北交所是北京证券交易所，是场内市场。
3、交易门槛不同。
新三板创新层的开业条件：两年以上股票交易经验，风险承受能力C4以上，前10个交易日日均资产不能低于100万;新三板基础层开户条件：要有两年股票交易经验，风险承受能力C4以上，前10个交易日日均资产不能低于200万。北交所个人投资者准入门槛为开通交易权限前20个交易日日均证券资产50万元，同时具备2年以上证券投资经验;机构投资者准入不设置资金门槛。
4、交易规则不同。
新三板创新层涨跌幅限制为50%，新三板基础层涨跌幅限制为100%。交易委托的股份数量以“股”为单位，新三板交易规则每笔委托的股份数量应不低于3万股，但账户中某一股份余额不足3万股时可一次性报价卖出。北交所新股上市首日无涨跌幅限制，但设有临时性股票停牌机制，第二个交易日起，新上市股票的涨跌幅限制为30%。单笔申报100股起，可按1股为单位递增;卖出时，不足100股的部分应一次性卖出。竞价交易单笔申报最大数量不超过100万股。
5、上市对象不同。
新三板指的是全国性的非上市股份有限公司股权交易平台，主要针对的是创新创业的中小微型企业，是代理转让的股票，不是上市公司股票。北交所交易的是“专精特新”概念股，是上市公司股票。
新三板挂牌和上市的区别
一是服务对象不同。全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌;
二是投资者群体不同。我国交易所市场的投资者结构以中小投资者为主，而全国股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性制度，未来的发展方向将是一个以机构投资者为主的市场，这类投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力;
三是全国股份转让系统是中小微企业与产业资本的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，不是以交易为主要目的。
